Dans cette présentation, nous soulignerons une aporie de l'approche dominante en biologie de l'évolution, soit le fait que ce champ disciplinaire relègue à l'arrière-plan de ses explications l'influence causale de l'environnement. Cette problématique se reflète dans l'ontologie associée aux théories de l'évolution. Celle-ci inclut deux types d'entités (les unités de sélection et les unités d'évolution) mais néglige l'environnement de sélection malgré le rôle crucial qu'il occupe dans la théorie de l'évolution par sélection naturelle. En confrontant l'approche traditionnelle à un cas d'étude, soit la dissémination à l'échelle planétaire du gène blaNDM et de la résistance à certains antibiotiques (les carbapénèmes) qu'il sous-tend, nous illustrerons le gain explicatif qui résulte du fait de mettre l'accent sur l'environnement et son influence sur tout processus évolutif. Nous utiliserons cette analyse pour tracer les contours d'une nouvelle ontologie pour la biologie de l'évolution qui serait centrée sur l'environnement et non sur l'unité de sélection.